En 1967 Fanny Colonna entre au CNRS comme ITA au CRAM (Centre de Recherches sur l’Afrique Méditerranéenne) dirigé par Paul-Albert Février. C’est là qu’elle écrit , en marge d’activités documentaires et administratives, deux mémoires de DES en Histoire dirigés par P.-A Février et Mouloud Mammeri, soutenus à Alger en 1967. Elle est retenue au concours comme attachée de recherche au CNRS en 1969 (Pierre Bourdieu, Germaine Tillion). En 1970, elle soutient sa thèse de troisième cycle dans le cadre du CERDES à Alger (Centre d’études, de recherches et de documentation en sciences sociales), dirigée par Pierre Bourdieu; ce centre, rattaché à l’Institut d’Etudes politiques d’Alger était dirigé par Pierre Bourdieu et Jean-Claude Passeron. Après une enquête de sociologie historique (sa thèse qui sera publiée en 1975), elle est à la recherche d’un nouveau terrain et d’une communauté scientifique en Algérie, elle est alors affectée au CRAPE (laboratoire de préhistoire et anthropologie) à Alger dirigé par Mouloud Mammeri, collaboration qui durera 10 ans. Entre 1973 et 1980, elle fait des séjours réguliers au Centre de Sociologie européenne dirigé par Pierre Bourdieu à Paris. Dans les années 80 elle collabore avec l’URASC à Oran (Unité de Recherche en Anthropologie sociale et culturelle), dirigée par A. Djeghloul, jusqu’en 1988. En 1985, elle est affectée en parallèle au GSPM (Groupe de sociologie politique et morale) créé par Luc Boltanski à Paris. En 1987, elle obtient son habilitation à diriger des recherches (Bourdieu, Arkoun, Gellner, de Fouchécourt, Benachenou). En 1990, lors de la création du département de Berbère à Tizi-Ouzou, elle y assume la direction des études et des enseignements de sociologie. En 1997-1998, elle est affectée de façon temporaire au CEDEJ (Le Caire). En 1998, elle rejoint le LAMES à la MMSH jusqu’à sa retraite. Au cours de deux cycles d'éméritat (2000-2005 et 2005-2010), elle poursuit son implication dans la recherche et dans la direction de thèses .